Festplattenproblem

Hallo Leute,
ich habe folgendes Problem.
Auf meinem Samsung Serie 5 NP530U3C-A0B Ultrabook hatte vor einigen Wochen Windows 7 installiert weil mir Windows 8 bei einigen Uni-Sachen Ärger machte. Und zwar habe ich es auf die 24GB große SSD gespielt. Da aber die Festplatte viel zu schnell rappel voll war, wollte ich jetzt die Windows 7 Installation nochmal auf der normalen Festplatte machen. Deshalb habe ich wieder das EXTERNE Laufwerk angeschlossen, doch zeigte mir der Partitionsmanager bei der Installation nur die SSD an. Deshalb habe ich es erstmal wieder auf der SSD installiert um später die Partition zu spiegeln. Als die Installation fertig war und ich das Laufwerk abgezogen hatte fuhr das Notebook aber nicht mehr hoch. Nur mit angeschlossenem Laufwerk und Windows 7 DVD funktioniert es doch unter Computer wird die andere Festplatte nicht angezeigt.
Im BIOS steht bei SATA Port 1 und 2 jeweils "Not Installed".

Wenn ich allerding ubuntu installiere lässt es sich auch ohne angeschlossenem Laufwerk bzw. USB Stick hochfahren, trotzdem wird nur die SSD erkannt.

An sich würde ich von einem Hardware Defekt ausgehen. Doch wenn ich bei der Win7 Installation auf "Treiber laden" gehe und dann auf "durchsuchen" werden sowohl das Systemlaufwerk (ich gehe davon aus dass das die SSD ist auf der schon Windows 7 installiert ist) und Laufwerk D, also die andere Festplatte mit den alten Daten angezeigt. D.h. einerseits erkennt er die Festplatten aber andererseits auch wieder nicht.

Ich gehe davon aus dass es bei irgendwas die Treiber zerschossen hat, denn zwischen lauffähigem Windows und dem Auftreten des Problems habe ich keine BIOS Einstellungen geändert, bzw. danach die Setup Defaults geladen.

Ich habe wirklich keine Ahnung was sich da machen lässt und hoffe ihr könnt mir vlt helfen

LG Matthi93